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La présidence du Conseil joue un rôle primordial dans l’organisation des travaux de l’institution, notamment dans l’impulsion du processus de décision législatif et politique. Elle est chargée d’organiser et de présider l’ensemble des réunions, ainsi que d’élaborer des compromis susceptibles de résoudre les problèmes.
Le Conseil est présidé à tour de rôle par chaque Etat membre pour une période de six mois (de janvier à juin, et de juillet à décembre), selon un ordre préétabli :
| 1998 | ||
| Premier semestre | Royaume-Uni | |
| Deuxième semestre | Autriche | |
| 1999 | ||
| Premier semestre | Allemagne | |
| Deuxième semestre | Finlande | |
| 2000 | ||
| Premier semestre | Portugal | |
| Deuxième semestre | France | |
| 2001 | ||
| Premier semestre | Suède | |
| Deuxième semestre | Belgique | |
| 2002 | ||
| Premier semestre | Espagne | |
| Deuxième semestre | Danemark | |
| 2003 | ||
| Premier semestre | Grèce | |
| Deuxième semestre | Italie | |
| 2004 | ||
| Premier semestre | Irlande | |
| Deuxième semestre | Pays-Bas | |
| 2005 | ||
| Premier semestre | Luxembourg | |
| Deuxième semestre | Royaume-Uni | |
| 2006 | ||
| Premier semestre | Autriche | |
| Deuxième semestre | Finlande | |
| 2007 | ||
| Premier semestre | Allemagne | |
| Deuxième semestre | Portugal | |
| 2008 | ||
| Premier semestre | Slovénie | |
| Deuxième semestre | France | |
| 2009 | ||
| |
Premier semestre | République tchèque |
| Deuxième semestre | Suède |
